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O enredo de Ômega acontece no futuro, 25 anos após a conclusão das guerras do século 20 narradas no mangá. Após um conflito com o deus Marte, Seiya de Sagitário e seus amigos foram impedidos de queimar seus cosmos e Athena teve de se refugiar numa ilha onde treina novos cavaleiros para derrotar Marte, porém, mal sabe ela que as escondidas Marte cria uma jovem com forte cosmo de luz para usurpar o lugar de Athena e destruir a terra usando o cosmo da luz para transformar Marte num paraíso.

A história se passa 10 anos após o final da saga Z, Goku reencontra vilões de sua infância, que estão roubando as esferas do dragão que estão no templo do kamisama, goku descobre o que eles estão tramando e por um engano, pilaf deseja que Shenlong transforme Goku em criança, agora as esferas se espalharam pelo universo e goku e seus amigos tem apenas um ano para encontrar todas, antes que a terra exploda. Eles embarcam numa aventura em busca das 7 esferas do dragão.